小新一行人来到奈普鲁岛，这座岛屿非常安静。然后遇到一个叫小丹的年轻人，小丹带着小新一行人朝着岛屿深处走去。
走了很久来到道馆，道馆的规矩是挑战者必须靠自己的能力爬山，随行的人可以坐着缆车直接上去，小丹，小新和小智艰难的爬山，爬了很久的山，终于来到了道馆里面。原来小丹先生就是馆主了，小新和小智开始了挑战任务，第一场比赛冰系技能，馆主派出了尼多王，小智派出了乘龙，小新派出了水晶大岩蛇。
第一场最终小新第一，小智失败，第二场比赛把冰柱之造成合格的三种形状，馆主小丹派出了尼多王，豪力，飞天螳螂。小智派出了，妙蛙种子，皮克丘，喷火龙。小新派出了，2只快龙和化石翼龙。
第二场还是小新第一，小智第二。两人都赢了。小新直接挑战成功了。
第三场精灵协作能力，馆主小丹派出了小拳石，顽皮蛋，飞天螳螂。小智派出了皮克丘，杰尼龟，妙蛙种子。
第三场因为火箭队的捣乱，重新再一次开始了。后面小智艰难的获胜了。小新和小智拿到了道馆徽章。
分别了小丹在次启程去旅行了，小新一行人来到了果实七岛，七岛上面长了很多的文旦果，刚到小岛上遇到了误会小新几人的奈奈，在一番交流后，奈奈跟小新几人道歉，刚聊没有多久，果园里面的工作人员就发现了文旦小偷，小新一行人也跟着过去了，发现很多被破坏的果树，遇到一只卡比兽，小新问小智想好想要，小智想要这只卡比兽，小新放出了鬼斯对着卡比兽使用了催眠术，最后小之前丢出了精灵球，收服了卡比兽。
奈奈为了感谢小新几人，送了很多的文旦果，请了小新几人吃了一顿饭。小新几人在奈奈家呆了一碗就继续出发旅行了。
小新几人在太阳快下山的时候来到了斯达奇岛，来到了斯达奇岛，小新几人去到了精灵医院，吃了晚饭，跟大木博士视频一会。然后在这个岛屿好好的休息。
小新一大早来到了人多地方，原来是博物馆啊，可是博物馆的古代奖杯被偷走了。
小新一行人遇到了火箭队三人组，喵喵和小次郎不打自找的说没有偷走奖杯。然后火箭队三人坐着船逃走了，小新几人赶紧开始了追击行动，不过海上遇到了大雾，出现了一艘破旧的海船。小新几人上船了解奖杯经过，在知道情况后放弃了拿回奖杯，火箭队三人组也被击飞了。
小新一行人来到了马科特岛，小新遇到一只浑身受伤飞天螳螂，小建用出了毛球散播睡眠粉，用精灵球收服了飞天螳螂。小新几人快速跑向了精灵医院，在医院里治疗好的飞天螳螂预感到了族群有危险，然后独自跑了出去，小新等人也追了出去，看见火箭队在捣乱，飞天螳螂听从小建的命令击飞了火箭队三人组，和自己族群的飞天螳螂准备分别了。小新看着这群飞天螳螂，放出了鬼斯跟飞天螳螂头领沟通想要收服这个族群，飞天螳螂头领同意后和小新对战了，结果小新的精灵把飞天螳螂秒了，小新收服了飞天螳螂族群。
小新一行人来到了南方无人岛，来这里就遇到了好多大葱鸭，小新再一次击败了大葱鸭，收服了一整个族群。刚好小智等人找到了可以吃的树果，小新等人在这个美丽的小岛度过一天轻松的日子，再一次启程出发了。
小新等人来到了橘子群岛最大的岛屿，橘子岛，小新等人来到了洋贝拉市，遇到了一个丢失尼多兰的小妹妹，小新帮助小妹妹找尼多兰又遇到一个丢失尼多朗的小弟弟。经过一系列的事情后，找到一公一母的2只精灵，原来2只精灵互相喜欢受不了主人才跑走了。后面经历过了打到火箭队三人组的事情，2个训练家和好了。尼多兰进化成为了尼多娜，尼多朗进化成为了尼多力诺。小新等人分别了2个训练家继续踏上了旅程。
小新一行人正在向橘子岛的大都会前进，来到了大平原，可是这个时候下起大雨，小新几人找个个地方躲雨，遇到了打雷，空中一群小磁怪在吸收雷电的电力，小新一行人遇到了佛得大叔，了解了大叔在在平原里面放牧小磁怪，吸收雷电供给给城市和村子里面用电，就这样，小新一行人坐着大叔的啃太罗拉着的牛车出发了。在路上遇到火箭队三人组捣乱，小新放出了快龙一招击飞了火箭队。
小新赶紧查看了自己的数据面板。
“姓名：小新
“性别：男
“称号：冠军训练家，天王级培育家
“能力：探测
“装备：超进化钥匙
“精灵：神兽喷火龙（火山场地），神兽比雕（草原场地），大针峰100级（森林场地），毒刺水母100级（海洋场地），神兽鬼斯，神兽快龙，神兽快龙（小），暴鲤龙97级，神兽耿鬼（鬼屋场地），神兽胡地（森林场地），神兽胖可丁（森林场地）化石翼龙90级，水晶大岩蛇77级。
“生态园：皮卡丘一族，水箭龟一族，茂瑙水母一族，疗养院的精灵，妙蛙花一族，古代神奇宝贝，波波一族，大嘴雀一族，飞天螳螂一族，大葱鸭一族。
“任务：在橘子群岛取得冠军，抽奖5次。
“背包：精灵图鉴、精灵球N个，其他精灵球一堆，资质药水（小）N个，资质药水（中）90个，杂物一大堆。
小新等人和佛得先生来到附近的城市，在精灵中心检查了一下精灵的健康，休息了一晚，第二天小新几人朝着大都会继续进发了，走了很久，终于到达了大都会。
小新几人遇到了塌方，失足掉到了洞里，走了一会来到了地下水道，小新几人在地下水道遇到了一只发育很大的妙蛙种子，小新派出鬼斯跟他交流后，对战一场，收服了妙蛙种子。然后找到了地方爬出来地下水道。
小新几人在精灵中心休整了一天，明天准备朝着港口前进。
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