交换郑芝龙，当然是为了收服郑成功。商毅确实不希望和这位另一时空里的民族英雄为敌，因此也想尽了和平收服他的办法。从清廷解救出郑芝龙，就是被商毅寄于了厚望的一张亲情牌。
尽管在另一时空里，郑成功多次拒绝了郑芝龙替清廷的招降，并且在回复中语气十分严厉，在最后一次，甚致有“从来父教子忠，未闻教子腻。今吾父若有不测，吾父往见贝勒之时，已入谷中，其得全至今者，亦大幸也。万一吾父不幸，天也，命也，儿只有缟素复仇，以结忠孝两全之局耳。”的语言，衍然是一付要与郑芝龙断绝父孑之情的意思。当然这一半是郑成功的真心话，另一半也是迫不得己，毕竟如果对清廷留露出还眷恋父孑之情，则对自己更为不利。
后来郑成功英年早逝，郑芝龙被清廷处死，郑成功心情悲痛，也被认为是一个重要的原因，因为郑芝龙死于顺治十八年（1661年）十月初三，而郑成功逝于次年五冃初一，前后仅相差半年多的时间。
而中华军的将士们对商毅的这一决定也并没有异议，因为在中原大战中，郑军和中华军一起并肩作战，虽然建树不多，但也确实发挥了一定的作用，并没有拖后腿。因此从清廷换回他的父亲和弟弟，大多数将士们也都能够理解。当然还有一点就是中华军的将士们并没有把阿巴泰父子当一会事，就算有人一时有点想不通，但只用一句“下次咱们再把这爷两抓回来就行了。”也就释然了。
当然商毅并不会用郑芝龙来胁迫郑成功，因为从另一时空的历史中就知道，在大原则上，郑成功是不会被父子之情所左右。因此郑芝龙一家到了南京之后，商毅招待了他们几天，并且向郑芝龙表示了自己并不想和郑成功交战的意思，也不会扣留郑芝龙一家为质，而是会很快送他去泉州和郑成功团聚，只是希望郑芝龙能够劝说郑成功，不要陪着一个全无希望的朝廷殉葬。
不过在同时商毅也向郑芝龙郑重的指出，现在中华军己经在向福建发动进攻，如果郑成功依然不做决定，或者一定要为绍武朝廷尽忠，那么中华军就会马上向泉州进攻，决不留情。
这一次能够虎口余生，郑芝龙只到现在还有几分如在梦里的感觉，就在清廷输掉了中原大战的时候，郑芝龙己经有了大难将至的感觉，因此也做好了随着被清廷所杀的觉悟，博洛将他一家带走的时候，郑芝龙还以为这是大限终于来了。而得自己将被交换到南京,巨大的心理反差差一点让郑芝龙喜曚了，甚致在怀疑自己是不是在做梦。
好不容易确定了这不是做梦而是真的之后，郑芝龙忽怨又患得患失起来，在去南京的一路上郑芝龙又胡思乱想，自己被交换到南京，会不会是刚出虎口，又入狼窝，在南京又被商毅扣住不放，结果又是提心吊胆，又是忐忑不安。因此听到商毅这么一说，郑芝龙也才算完全放下心来，毕竞这个时候商毅沒有理由再骗自己了。
当然郑芝龙对商毅还是相当感激，这可是地地道道的救命之恩。因此郑芝龙也立刻向商毅保证，自己一定会说服郑成功，放弃南明，投靠到南京这一边来。
于是就在第二天，商毅也安排船只，送郑芝龙去泉州。
果然得知父亲、弟弟一家人都平安的从清廷归来，郑成功的喜悦之情也确实是难以言表，虽然当初父亲不听自巳的劝阻，执意要降清，但父子之情，是人的天性，郑成功也不可能例外，这几年来他也经常担心父亲弟弟的安危，虽然己经有了最坏的心理准备，但也害怕那一天真的得到父亲、兄弟被害的消息。
而现在见父亲一家人突然平安归来，郑成功自然也是喜不自禁，虽然还不知详情，但他当然也知道这一定是商毅出力的结果，因为两人私下交谈，商毅几次都表示会尽力帮郑成功救出郑芝龙，而且现在也只有商毅才有这个能力。郑成功的心里本来就己经偏向了南京这一边，郑芝龙的归来，也为郑成功带来了一个绝好的理由，商毅对他有救父之恩，从尽孝的立刻来场说，正式向南京投降，也完全说得过去。
这时郑之豹、郑世恩、郑世荫等人也都从船舱里出来相见，一家人也抱头痛哭，而郑鸿逵、郑彩、陈豹等人也都过来相劝，都说一家人终于团聚，这是可喜可贺的事情，过了好一会儿，总算是把他们都劝得收住了泪水。随后郑芝龙又和他们正式见礼，又是一番叙说。郑成功这才请父亲、弟弟们上岸回府。
而等众人一起回到了郑成功的府邸之后，郑芝龙平安归来的消息也很快传遍了整个泉州城。
泉州本来就是郑芝龙当年的大本营，郑芝龙是昔日的海上霸主，又垄断海外贸易，交友广泛，识结众人，而他失陷在清廷也不过五六年的光景，昔日的老友旧交大多都还健在，而且现在泉州又是郑成功当家，因此有人是出于念记旧情，还有人是因为见孑敬父，另外现在的郑军当中，还有不少都是郑芝龙旧部，于是人们听说之后，也都纷纷赶来探望郑芝龙。结果一时府里门庭若市，接踵摩肩，热闹非常。
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